相對於秘密加密法而言，公開密鑰加密法的好處在於其安全性和方便性,因為使用公開密鑰加密法不需要交換共享密鑰,也不用擔心共享密鑰會暴露。相反、在秘密密鑰系統中,因為加密和解密的密鑰是一樣的,所以必須事先傳遞秘密密鑰。因此,大家比較關注的問題就是擔心秘密密鑰在傳速的過程中會被攻擊者竊取。

公開密鑰加密法的另外一個好處是它能给予不可抵賴的數字簽名。顺利获得秘密密鑰系統進行認證要求雙方共享密鑰,有時還要信任第三方。紿果,發送方在發送完消息之後可能抵賴說自己並沒有發送過這樣的消息,而是共享密鑰遭到了竊聽,別人假冒了他的身份例如Kerberos秘密密鑰認證系統中,會有一個中央數據庫,其中含所有用戶的秘密密鑰。如果這個數據庫遭到攻擊,就會造成大量的身份偽造。而公開密鑰加密法就不存在這個問題.是不可抵賴的,每個用戶自己要負責保護好自己的私有密鑰,公開密鑰加密法的這種特性,通常叫做抗抵賴特性。

使用公開安鑰加密法的一個鈇點是這種方法的加密速度比較慢。很多秘密密鑰加密法的速度都要比公開巒鑰加密法的速度快很多,解決這個問題的一個辦法是把這兩種加密法結合起來。

在某些情況下,只要用秘密密鑰加密法就夠了,沒必要使用公開密鑰加密法。其中之一是祕密密鑰加密法所要求的安全傳遞密鑰的條件存在.例如,兩個人可以直接見面,傳遞共享密鑰.另外,對於加密本地磁盤上的文件,也不需要用到公開密鑰加密法。